O PEMQSA é um programa consolidado que possui fundamental importância na fiscalização ativa dos alimentos disponibilizados pelo comércio. Através do monitoramento desses alimentos é possível identificar inconformidades sanitárias que podem direcionar para ações de fiscalização nas unidades produtoras e, consequentemente, reduzir a exposição aos riscos inerentes ao consumo pela população.

O programa, também, tem como objetivo o monitoramento das indústrias que produzem alimentos no estado e, com isso, as vigilâncias sanitárias podem incluir os produtos dessas indústrias localizadas nos seus municípios como forma de complementar a fiscalização por esse meio.